Ръководен орган на Българското паразитологично дружеството е Общото събрание, което се събира веднъж годишно. Членовете на Управителния съвет и Контролната комисия се избират от Общото събрание и са четиригодишен мандат. Всеки член на Общото събрание може да бъде предложен за член на управителните органи. В момента действащите Управителен съвет и Контролна комисия на БПД с мандат 2011-2015 г. бяха избрани на Годишната работна среща на Дружеството на 8 април 2011 г.